<i>De novo</i> genome sequence assembly of the RNAi-tractable endosymbiosis model system <i>Paramecium bursaria</i> 186b reveals factors shaping intron repertoire
Notice bibliographique
Résumé
How two species engage in stable endosymbiosis is a biological quandary. The study of facultative endosymbiotic interactions has emerged as a useful approach to understand how endosymbiotic functions can arise. The ciliate protist Paramecium bursaria hosts green algae of the order Chlorellales in a facultative photo-endosymbiosis. We have recently reported RNAi as a tool for understanding gene function in Paramecium bursaria 186b, CCAP strain 1660/18 [1]. To complement this work, here we report a highly complete host genome and trans criptome sequence dataset, using both Illumina and PacBio sequencing methods to aid genome analysis and to enable the design of RNAi experiments. Our analyses demonstrate Paramecium bursaria , like other ciliates such as diverse species of Paramecia , possess numerous tiny introns. These data, combined with the alternative genetic code common to ciliates, makes gene identification and annotation challenging. To explore intron evolutionary dynamics further we show that alternative splicing leading to intron retention occurs at a higher frequency among the smaller number of longer introns, identifying a source of selection against longer introns. These data will aid the investigation of genome evolution in the Paramecia and provide additional source data for the exploration of endosymbiotic functions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».