Exploring the gene expression patterns of plant ACYL LIPID THIOESTERASEs (ALTs) through various analyses
Notice bibliographique
Résumé
ACYL-LIPID THIOESTERASE (ALT) enzymes are found across all plant taxa and produce medium-chain fatty acids, methylketone precursors, and 3-hydroxy fatty acids.While the products produced by many ALTs from diverse plant taxa are known, the biological roles of the enzymes themselves are not.The aim of this thesis was to infer the biological roles of some ALTs through their tissue specific expression patterns or their responsiveness to environmental cues.Histochemical β-glucuronidase (GUS) reporter gene staining of Arabidopsis thaliana transgenic lines demonstrated that ALT3 from A. thaliana (AtALT3) is widely expressed in nearly all aerial and root tissues.Additionally, cis-regulatory elements outside of the AtALT3 upstream region were reported to be important for AtALT3 gene expression.By examining AtALT3 transcript abundance using qRT-PCR analysis in response to wounding or methyl jasmonate application, I provided insight and further considerations for future transcript analysis involving ALTs.Publicly available transcriptomic data sets were analyzed to reveal that ALT gene expression in various plant species could be related to germination, submergence stress, or insect and pathogen attack.Taking into consideration both the ALT gene expression patterns and corresponding ALT products, I suggest that ALTs have diverse roles, but mostly related to seed germination and defense against biotic stressors.The findings presented in this thesis will help direct future research to determine the potentially diverse functions of ALT enzymes. Appendix B -Agarose gel demonstrating successful insertion of T-DNA containingAtALT3p::GUS ....
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».