Quantifying conformational changes in the TCR:pMHC-I binding interface
Notice bibliographique
Résumé
T cells form one of the key pillars of adaptive immunity. Using their surface bound T cell antigen receptors (TCRs), these cells, screen millions of antigens presented by major histocompatibility complex (MHC) or MHC-like molecules. In other protein families, the dynamics of protein-protein interactions have important implications for protein function. Case studies ofTCR:class I peptide-MHCs (pMHC-Is) structures have reported mixed results on whether the binding interfaces undergo conformational change during engagement and no robust statistical quantification has been done to generalise these results. It thus remains an open question if movement occurs in the binding interface that enables recognition and activation of T cells. In this work, we quantify the conformational changes in the TCR:pMHC-I binding interface by creating a dataset of 358 structures, comprising 25 TCRs, 20 MHC alleles, and 58 peptide structures in both unbound (apo) and bound (holo) conformations. In support of some case studies, we demonstrate that all complimentary determining region (CDR) loops move to a certain extent but only CDR3α and CDR3β loops modify their shape when binding pMHC-Is. We also map out the contacts between TCRs and pMHC-Is, generating a novel fingerprint of TCRs on MHC molecules and show that the CDR3α tends to bind the N-terminus of the peptide and the CDR3β tends to bind the C-terminus of the peptide. Finally, we show that the presented peptides can undergo conformational changes when engaged by TCRs, as has been reported in past literature, but novelly show these changes depend on how the peptides are anchored in the MHC binding groove. Our work has implications in understanding the behaviour of TCR:pMHC-I interactions and providing insights that can be used for modelling T cell antigen specificity, an ongoing grand challenge in immunology.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».