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Enregistrement W4401696597 · doi:10.12688/wellcomeopenres.20278.2

VIVALDI Cohort Profile: Using linked, routinely collected data and longitudinal blood sampling to characterise COVID-19 infections, vaccinations, and related outcomes in care home staff and residents in England

2024· preprint· en· W4401696597 sur OpenAlexaff
Maria Krutikov, David Bone, Oliver Stirrup, Rachel Bruton, Borscha Azmi, Chris Fuller, May Lau, Juliet Low, Shivika Rastogi, I. Monakhov, Gokhan Tut, Douglas Fink, Paul Moss, Andrew Hayward, Andrew Copas, Laura Shallcross

Notice bibliographique

RevueWellcome Open Research · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineHealth Professions
ThématiqueGeriatric Care and Nursing Homes
Établissements canadiensInstitute of Infection and Immunity
Organismes subventionnairesHealth Data Research UKUniversity College LondonNational Institute for Health and Care ResearchUniversity College London Hospitals Biomedical Research CentreWellcomeNational Institute for Social Care and Health ResearchPublic Health EnglandDepartment of Health and Social CareWellcome Trust
Mots-clésMedicineCoronavirus disease 2019 (COVID-19)CohortLongitudinal studySampling (signal processing)Blood sampling2019-20 coronavirus outbreakCohort studyVaccinationLongitudinal dataFamily medicineGerontologyOutbreakDemographyVirologyInternal medicineInfectious disease (medical specialty)DiseasePathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

<ns3:p> VIVALDI (ISRCTN14447421) is a government-funded longitudinal open observational cohort study of staff and residents in care homes for older people in England. The study aimed to describe epidemiology (including seroprevalence) and immune responses to COVID-19 in a subset of care homes, in the context of extremely high mortality in this setting, in the first 12-18 months of the pandemic. Data linkage to routine health data was undertaken for all staff and residents and a subset of individuals who consented to sequential blood sampling to investigate SARS-CoV-2 immunity. This paper aims to describe the samples stored within the VIVALDI biobank and associated linked data, available for use by researchers. Over 70,000 individuals from 346 care homes were included in the data linkage cohort (1 <ns3:sup>st</ns3:sup> March 2020–31 <ns3:sup>st</ns3:sup> March 2023). 4971 samples from 2264 individuals (1415 staff, 827 residents) collected between 29 <ns3:sup>th</ns3:sup> October 2020 and 10 <ns3:sup>th</ns3:sup> March 2023 are stored. Amongst these samples, there was a maximum of seven per participant however, 217 (26.2%) residents and 551 (38.9%) staff participated in one round only. Key study findings include high COVID-19 seroprevalence among surviving residents, exceeding rates in community-dwelling peers. COVID-19 vaccinations generated robust immune responses in staff and residents which waned, supporting the need for booster vaccination, particularly in response to new variants. Prior infection significantly improved vaccine-induced immune responses, however protection from infection declined following Omicron variant emergence. This is a unique cohort of pre- and post-infection samples linked to data on COVID-19 infections, vaccinations, and outcomes. The cohort spans host immune response evolution to infection and vaccination in this rarely sampled population of frail older care home residents who are especially vulnerable to infection and severe outcomes. These samples can be used to investigate biological mechanisms behind disparate infection responses in older people and make a valuable contribution to research into ageing. </ns3:p>

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,007
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Science ouverte, Intégrité de la recherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,030
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0070,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0030,002
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,014
Intégrité de la recherche0,0010,004
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,244
Tête enseignante GPT0,520
Écart entre enseignants0,276 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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