Genome‐wide SNP assessment of contemporary European red deer genetic structure highlights the distinction of peripheral populations and the main admixture zones in Europe
Notice bibliographique
Résumé
Genome-wide technologies open up new possibilities to clarify questions on genetic structure and phylogeographic history of taxa previously studied with microsatellite loci and mitochondrial sequences. Here, we used 736 individual red deer (Cervus elaphus) samples genotyped at 35,701 single nucleotide polymorphism loci (SNPs) to assess the population structure of the species throughout Europe. The results identified 28 populations, with higher degrees of genetic distinction in peripheral compared to mainland populations. Iberian red deer show high genetic differentiation, with lineages in Western and Central Iberia maintaining their distinctiveness, which supports separate refugial ranges within Iberia along with little recent connection between Iberian and the remaining Western European populations. The Norwegian population exhibited the lowest variability and the largest allele frequency differences from mainland European populations, compatible with a history of bottlenecks and drift during post-glacial colonization from southern refugia. Scottish populations showed high genetic distance from the mainland but high levels of diversity. Hybrid zones were found between Eastern and Western European lineages in Central Europe as well as in the Pyrenees, where red deer from France are in close contact with Iberian red deer. Anthropogenic restocking has promoted the Pyrenean contact zone, admixture events in populations on the Isle of Rum and in the Netherlands, and at least partly the admixture of the two main lineages in central-eastern Europe. Our analysis enabled detailed resolution of population structure of a large mammal widely distributed throughout Europe and contributes to resolving the evolutionary history, which can also inform conservation and management policies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».