Genomic architecture and population structure of Boreogadus saida from Canadian waters
Notice bibliographique
Résumé
The polar cod, Boreogadus saida, is an abundant and ubiquitous forage fish and a crucial link in Arctic marine trophic dynamics. Our objective was to unravel layers of genomic structure in B. saida from Canadian waters, specifically screening for potential hybridization with the Arctic cod, Arctogadus glacialis, large chromosomal inversions, and sex-linked regions, prior to interpreting population structure. Our analysis of 53,384 SNPs in 522 individuals revealed hybridization and introgression between A. glacialis and B. saida. Subsequent population level analyses of B. saida using 12,305 SNPs in 511 individuals revealed three large (ca. 7.4-16.1 Mbp) chromosomal inversions, and a 2 Mbp region featuring sex-linked loci. We showcase population structuring across the Western and Eastern North American Arctic, and subarctic regions ranging from the Hudson Bay to the Canadian Atlantic maritime provinces. Genomic signal for the inferred population structure was highly aggregated into a handful of SNPs (13.8%), pointing to potentially important adaptive evolution across the Canadian range. Our study provides a high-resolution perspective on the genomic structure of B. saida, providing a foundation for work that could be expanded to the entire circumpolar range for the species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».