Design principles for molecular animation
Notice bibliographique
Résumé
Molecular visualization is a powerful way to represent the complex structure of molecules and their higher order assemblies, as well as the dynamics of their interactions. Although conventions for depicting static molecular structures and complexes are now well established and guide the viewer's attention to specific aspects of structure and function, little attention and design classification has been devoted to how molecular motion is depicted. As we continue to probe and discover how molecules move - including their internal flexibility, conformational changes and dynamic associations with binding partners and environments - we are faced with difficult design challenges that are relevant to molecular visualizations both for the scientific community and students of cell and molecular biology. To facilitate these design decisions, we have identified twelve molecular animation design principles that are important to consider when creating molecular animations. Many of these principles pertain to misconceptions that students have primarily regarding the agency of molecules, while others are derived from visual treatments frequently observed in molecular animations that may promote misconceptions. For each principle, we have created a pair of molecular animations that exemplify the principle by depicting the same content in the presence and absence of that design approach. Although not intended to be prescriptive, we hope this set of design principles can be used by the scientific, education, and scientific visualization communities to facilitate and improve the pedagogical effectiveness of molecular animation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,015 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,007 |
| Communication savante | 0,005 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,021 | 0,008 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».