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Enregistrement W4401856378 · doi:10.12688/f1000research.134520.2

A survey of water chemistry used in zebrafish facilities and their effects on early zebrafish development

2024· preprint· en· W4401856378 sur OpenAlexaff
Cosima S. Porteus, Ella Waples, Anna Dempsey, Gregory C. Paull, Rod W. Wilson

Notice bibliographique

RevueF1000Research · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueFish Ecology and Management Studies
Établissements canadiensThe Scarborough HospitalUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Centre for the Replacement Refinement and Reduction of Animals in ResearchNational Centre for the Replacement, Refinement and Reduction of Animals in ResearchUniversity of Exeter
Mots-clésZebrafishOpen peer reviewPlant biologyPhysiologyNeuroscienceBiologyComputational biologyBiochemistryBotany

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

<ns3:p> Background There are a variety of published standard methods and water chemistry recommendations for zebrafish ( <ns3:italic>Danio rerio</ns3:italic> ) husbandry, but empirical evidence for their justification is often lacking, as is information on some variables that have important biological effects on fish. Importantly, these different recommendations could contribute to variability in results and fish welfare between or within institutions. Methods Here we document the current range of water chemistry used by various research institutions around the world and report initial findings on their effects on the development and growth of zebrafish. Over 40 institutes responded to a survey that revealed a large variation in water chemistry used for zebrafish husbandry including differences in the set-points and acceptable ranges for temperature, pH and conductivity. In subsequent experiments, zebrafish ( <ns3:italic>D. rerio</ns3:italic> , WIK) embryos/larvae exposed to a large range of salt concentrations (50μM to 10mM Na <ns3:sup>+</ns3:sup> or 30 – 2500 μS/cm) and CO2 levels (400 – 8,000 μatm). Results Larvae exposed to the lowest salt concentration (5 μM Na <ns3:sup>+</ns3:sup> or &lt; 30μS/cm) had a slower response to touch and their swim bladders were not inflated. Larvae exposed to 5-100 μM Na <ns3:sup>+</ns3:sup> were 5 % shorter in total body length than those exposed to higher salt concentrations (&gt;100 μM Na <ns3:sup>+</ns3:sup> ). Zebrafish embryo/larvae exposed to intermediate pCO2 values (~2000 μatm) were 1 to 3.5% longer than those exposed to either ambient (400 μatm) or higher (4000 μatm) pCO2, but pCO2 did not affect developmental endpoints up to 4 dpf. Conclusions Overall, we highlight the magnitude of variation in water chemistry used within zebrafish research and provide some empirical evidence to show that not all of these water conditions might be optimal for developing zebrafish and reproducibility of research, although further research is necessary to determine longer-term effects of water chemistry on older larvae, juveniles and adults. </ns3:p>

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,041
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,006
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,029
Tête enseignante GPT0,259
Écart entre enseignants0,230 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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