Genomic Characterization of Methicillin-Resistant and Methicillin-Susceptible Staphylococcus aureus Implicated in Bloodstream Infections, KwaZulu-Natal, South Africa: A Pilot Study
Notice bibliographique
Résumé
Staphylococcus aureus is an opportunistic pathogen and a leading cause of bloodstream infections, with its capacity to acquire antibiotic resistance genes posing significant treatment challenges. This pilot study characterizes the genomic profiles of S. aureus isolates from patients with bloodstream infections in KwaZulu-Natal, South Africa, to gain insights into their resistance mechanisms, virulence factors, and clonal and phylogenetic relationships. Six multidrug-resistant (MDR) S. aureus isolates, comprising three methicillin-resistant S. aureus (MRSA) and three methicillin-susceptible S. aureus (MSSA), underwent whole genome sequencing and bioinformatics analysis. These isolates carried a range of resistance genes, including blaZ, aac(6′)-aph(2″), ant(9)-Ia, ant(6)-Ia, and fosB. The mecA gene, which confers methicillin resistance, was detected only in MRSA strains. The isolates exhibited six distinct spa types (t9475, t355, t045, t1265, t1257, and t7888) and varied in virulence gene profiles. Panton–Valentine leukocidin (Luk-PV) was found in one MSSA isolate. Two SCCmec types, IVd(2B) and I(1B), were identified, and the isolates were classified into four multilocus sequence types (MLSTs), with ST5 (n = 3) being the most common. These sequence types clustered into two clonal complexes, CC5 and CC8. Notably, two MRSA clones were identified: ST5-CC5-t045-SCCmec_I(1B) and the human-associated endemic clone ST612-CC8-t1257-SCCmec_IVd(2B). Phylogenomic analysis revealed clustering by MLST, indicating strong genetic relationships within clonal complexes. These findings highlight the value of genomic surveillance in guiding targeted interventions to reduce treatment failures and mortality.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».