Cobalt as a Cofactor for α-Galactosaminidase-Catalyzed Cleavage of Blood Group Antigens
Notice bibliographique
Résumé
Enzymatic cleavage of the terminal α- N -acetylgalactosamine of the A-antigen of red blood cells by gut commensal organisms such as Flavonifractor plautii is achieved in a two-step process in which a specific deacetylase initially generates a terminal galactosamine residue, and then a second α-galactosaminidase cleaves the sugar to leave the H-antigen of O blood types. An interesting question concerns how such an enzyme avoids the electrostatic destabilization of the transition state that would be imposed by the protonated amine, leading us to a structural analysis. The three-dimensional structure of this GH36 enzyme, in conjunction with mechanistic studies, reveals that, while the enzyme adopts a very similar overall structure and double displacement mechanism to those of other members of glycoside hydrolase Clan-D, the active site now contains an essential cobalt ion, which coordinates the 2-position amine of the substrate. Moreover, two other metals (zinc and manganese) appear to play structural roles, while no other Clan-D glycosidases are known to show any metal dependence. Indeed, no other glycosidase is known for such a diverse metal ion binding requirement. Coordination of the substrate amine to cobalt will suppress its protonation at the operating pH of the enzyme, thereby bypassing the problem of electrostatic destabilization of the oxocarbenium ion-like transition state and allowing the reaction to proceed efficiently. This is an alternative solution to a mechanistic problem while maintaining an otherwise very similar active site.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».