DNA methylation patterns contribute to changes of cellular differentiation pathways in leukocytes with LOY from patients with Alzheimer’s disease
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Alzheimer’s disease (AD) is a common and increasing societal problem due to the extending human lifespan. In males, loss of chromosome Y (LOY) in leukocytes is strongly associated with AD. We studied here DNA methylation and RNA expression in sorted monocytes and granulocytes with and without LOY from male AD patients. Through multi-omic analysis, we identified new candidate genes and confirmed the involvement of numerous genes previously associated with AD. Our findings highlight LOY-related differences in DNA methylation that occur in gene regulatory regions and are predominantly accompanied by down-regulation of affected genes. Specifically, we observed alterations in key genes involved in leukocyte differentiation: FLI1 , involved in early hematopoiesis; RUNX1 , essential for blood cell development; RARA , regulating gene expression in response to retinoic acid; CANX , crucial for protein folding; CEBPB , a transcription factor important for immune responses; and MYADM , implicated in cell adhesion and migration. Moreover, protein-protein interaction analysis in granulocytes identified that products of two of these genes, CANX and CEBPB , are key hub proteins. Thus, LOY appears to dysregulate genes involved in leukocyte differentiation and induce higher-level epigenetic changes. This research underscores the potential of multi-omic approaches in pure cell populations to uncover the molecular underpinnings of AD and reinforces the significance of LOY as a pathogenic factor in this disease. Overall, results support the hypothesis that age-related immune cell dysfunction contributes to AD development. Finally, our results link previous analysis showing impact of LOY on leukocyte differentiation, LOY-associated transcriptional dysregulation and GWAS studies of LOY.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».