Association of Genetically Predicted Skipping of COL4A4 Exon 27 with Hematuria and Albuminuria
Notice bibliographique
Résumé
Key Points Using transcriptome-wide association studies, we identified an association between splicing out of exon 27 of COL4A4 and hematuria. We confirmed the presence of COL4A4 exon 27 splicing in an independent cohort. Functional assays revealed that the COL4A4 transcript with exon 27 spliced out affects collagen IV trimer assembly and secretion. Background Hematuria is an established sign of glomerular disease and can be associated with kidney failure, but there has been limited scientific study of this trait. Methods Here, we combined genetic data from the UK Biobank with predicted gene expression and splicing from Genotype Tissue Expression kidney cortex samples ( n =65) in a transcriptome-wide association study to identify additional potential biological mechanisms influencing hematuria. Results The transcriptome-wide association study using kidney cortex identified significant associations for five genes in expression and three significant splicing events. Notably, we identified an association between the skipping of COL4A4 exon 27, which is genetically predicted by intronic rs11898094 (minor allele frequency 13%), and hematuria. Association between this variant was also found with urinary albumin excretion. We found independent evidence supporting the same variant predicting this skipping event in glomeruli-derived mRNA transcriptomics data ( n =245) from the Nephrotic Syndrome Study Network. The functional significance of loss of exon 27 was demonstrated using the split NanoLuc-based α 3 α 4 α 5(IV) heterotrimer assay, in which type IV collagen heterotrimer formation was quantified by luminescence. The causal splicing variant for this skipping event is yet to be identified. Conclusions In summary, by integrating multiple data types, we identified a potential splicing event associated with hematuria and albuminuria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».