Genetic diversity of tick-borne zoonotic pathogens in ixodid ticks collected from small ruminants in Northern Pakistan
Notice bibliographique
Résumé
Mapping tick distribution and pathogens in unexplored areas sheds light on their importance in zoonotic and veterinary contexts. In this study, we performed a comprehensive investigation of the genetic diversity of tick and tick-borne pathogens (TBPs) detection infesting/infecting small ruminants across northern Pakistan. We collected 1587 ixodid ticks from 600 goats and sheep, an overall tick infestation rate of 50.2 %. Notably, gender-based infestation rates were higher in female goats and sheep compared to their male counterparts. Age-wise analysis showed that the tick infestation rate was higher in older animals. This study identified 11 ixodid tick species within three genera: Hyalomma, Haemaphysalis, and Rhipicephalus, which were taxonomically classified using 16S rRNA and cytochrome oxidase I (cox1) molecular markers. Sequence analysis indicated that reported ticks are similar to ixodid species found across various Asian and African countries. Tick-borne pathogens were detected by amplifying 16S rRNA and citrate synthase (gltA) for bacterial pathogens and 18S rRNA for apicomplexan parasites. The present study reported a diverse array of TBPs in ticks from the study area, with Rickettsia massiliae (24.5 %) and Theleria ovis (16.4 %) as the most prevalent bacterial and apicomplexan pathogens. Phylogenetically, detected TBPs shared evolutionary relatedness with identical TBPs from old and new world countries. These findings highlight the presence of zoonotic TBPs in ixodid ticks from Pakistan. In addition, it also provides a foundation for future epidemiological research on ticks and TBPs, emphasizing their relevance in both zoonotic and veterinary contexts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».