Phospho-proteomics identifies D-group MAP kinases as substrates of the Arabidopsis tyrosine phosphatase RLPH2
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Despite being one of the few bona fide plant tyrosine phosphatases, RLPH2 has no known substrates. Utilizing phospho-proteomics, we identified the activation loop phospho-tyrosine of several D-group mitogen activated protein kinases (MPKs) as potential RLPH2 substrates. All Arabidopsis D-Group MPKs possess a TDY activation loop phosphorylation motif, whereas other MPKs (Groups A, B and C) contain a TEY motif. Our findings reveal that RLPH2 has a strong preference for aspartate (D) in the TXY motif, providing specificity for RLPH2 to exclusively target and dephosphorylate the D-Group MPKs. Additionally, D-Group MPKs contain a unique activation loop insertion that conforms to a protein phosphatase 1 (PP1) binding motif, with findings presented here confirming Arabidopsis PP1 phosphatases dock at this site. Intriguingly, only D-group MPKs among all identified Arabidopsis protein kinases possess this PP1 recruiting motif. Using multiple RLPH2 deficient plant lines, we demonstrate that RLPH2 represses seed dormancy release. Overall, this work highlights the power of phospho-proteomics in identifying substrates of this novel plant tyrosine phosphatase, while also revealing new complexities in the interactions between MPK activation loops and multiple phospho-mediated cell signaling events. One sentence summary Phospho-proteomic analysis reveals Arabidopsis tyrosine phosphatase RLPH2 dephosphorylates the activation loop of D-Group mitogen activated protein kinases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».