An NGS approach for the identification of precise homoeologous recombination sites between A and C genomes in <i>Brassica</i> genus
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The introgression of heterologous genomes through interspecific hybridization offers a great opportunity to expand the gene pool of crops, thereby broadening the traits that can be targeted for improvement. The introgression of C genomic regions carrying desirable traits from Brassica napus (AACC) into the diploid B. rapa (AA) via homoeologous recombination (HR) has been commonly used. However, the precise identification of HR sites remains a significant challenge, limiting the practical application of genome introgression via HR in breeding programs. Here, we developed an indicator named ‘Dosage-score’ from the coverage depth of next-generation sequencing reads. Then, Dosage-score analysis applied to both in BC1F1 individuals obtained by backcrossing B. rapa to F1 progeny (B. rapa × B. napus) and in the parental lines, and successfully identified the precise HR sites resulting from F1 meiosis as well as those that were native in the parental B. napus genome. Additionally, we introgressed the C6 segment from HR identified by Dosage-score analysis into B. rapa genome background, revealing gene expression on the added segment without noticeable phenotypic change. The identification of HR by Dosage-score analysis will contribute to the expansion of the gene pool for breeding by introgression of heterologous genomes in Brassica crops.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle