An NGS approach for the identification of precise homoeologous recombination sites between A and C genomes in <i>Brassica</i> genus
Notice bibliographique
Résumé
The introgression of heterologous genomes through interspecific hybridization offers a great opportunity to expand the gene pool of crops, thereby broadening the traits that can be targeted for improvement. The introgression of C genomic regions carrying desirable traits from Brassica napus (AACC) into the diploid B. rapa (AA) via homoeologous recombination (HR) has been commonly used. However, the precise identification of HR sites remains a significant challenge, limiting the practical application of genome introgression via HR in breeding programs. Here, we developed an indicator named ‘Dosage-score’ from the coverage depth of next-generation sequencing reads. Then, Dosage-score analysis applied to both in BC1F1 individuals obtained by backcrossing B. rapa to F1 progeny (B. rapa × B. napus) and in the parental lines, and successfully identified the precise HR sites resulting from F1 meiosis as well as those that were native in the parental B. napus genome. Additionally, we introgressed the C6 segment from HR identified by Dosage-score analysis into B. rapa genome background, revealing gene expression on the added segment without noticeable phenotypic change. The identification of HR by Dosage-score analysis will contribute to the expansion of the gene pool for breeding by introgression of heterologous genomes in Brassica crops.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».