<i>Bradyrhizobium hardenbergiae</i> sp. nov., isolated from <i>Hardenbergia violacea</i> in Australia, represents a novel basal lineage of the <i>B. elkanii</i> supergroup
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Bradyrhizobia are widespread across the Australian continent, where they are essential to Australian ecosystems by helping legumes to compensate nutrient deficiencies and low fertility of Australian soils. Among the Bradyrhizobium genospecies identified during a survey of Australian native rhizobia communities in 1994-1995, genospecies L appeared to be only distantly related to any Bradyrhizobium lineages known at the time. We take advantage of the recent sequencing of the genome of strain BDV5419, the original strain corresponding to Bradyrhizobium genospecies L, to re-assess this lineage taxonomic status. We characterized further strain BDV5419 based on morpho-physiological traits and determined its phylogenetic relationships with the type strains of the 88 currently known Bradyrhizobium species based on sequence comparisons of SSU rRNA genes and complete genomes. The digital DNA–DNA hybridization relatedness with any type strain was less than 33% and both SSU rRNA gene and genome phylogenies confirmed that this strain does not belong to any formerly described species within the Bradyrhizobium genus. Whereas its position within the lineage encompassing the B. elkanii and B. jicamae supergroups is unresolved in the SSU rDNA phylogeny, strain BDV5419 appears to be one of most basal lineages of the B. elkanii supergroup in the genome comparison. All data thus support the description of the novel species Bradyrhizobium hardenbergiae sp. nov. which type strain is BDV5419 T (= CFBP 9111 T = LMG 32897 T ), isolated from a nodule of Hardenbergia violaceae in Black Mountain Nature Reserve, in Canberra, ACT, Australia.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».