Advantages of Pyrene Excimer Formation (PEF) over Fluorescence Resonance Energy Transfer (FRET) for Probing the Conformation of Macromolecules in Solution
Notice bibliographique
Résumé
Pyrene excimer formation (PEF) was applied to study the homopolypeptides poly( d, l -glutamic acid) (PDLGA) and poly( l -glutamic acid) (PLGA), collectively referred to as the PGA samples, in N, N -dimethylformamide (DMF) and dimethyl sulfoxide (DMSO). The polypeptides were labeled with 1-pyrenebutylamine (PyC4N) or 1-pyreneoctylamine (PyC8N) and were described as PyCX( x )N-PGA where X equals 4 or 8, respectively, and x represents the mole percentage of pyrene-labeled glutamic acid (Glu). The fluorescence results obtained with these polypeptides were compared with the results obtained earlier with the same polypeptides randomly labeled with 1-pyrenemethylamine (PyC1N). Analysis of the fluorescence decays of the PyCX( x )N-PGA samples with the fluorescence blob model (FBM) yielded the average number (⟨ N blob exp ⟩) of Glu units per blob, where a blob is the volume probed by an excited pyrenyl label. The ⟨ N blob exp ⟩ values obtained for the PyCX( x )N-PGA samples in DMF and DMSO were compared with the N blob MMO values determined via molecular mechanics optimizations (MMO) conducted for PLGA constructs adopting four different conformations and labeled with either PyC1N, PyC4N, or PyC8N. The good agreement obtained between the ⟨ N blob exp ⟩ and N blob MMO values for PDLGA in DMF and DMSO and PLGA in DMF, whose conformation was known to be a random coil and an α–helix, respectively, validated the PEF-based methodology. It was then applied to determine the unknown conformation of PLGA in DMSO. The excellent match found between ⟨ N blob exp ⟩ obtained for PLGA in DMSO and N blob MMO obtained for a PLGA 3 10 helix led to its unambiguous assignment as the conformation of PLGA in DMSO. Since PyC8N probed a volume whose 7.7 nm diameter was almost double that of PyC1N, these experiments significantly extended the range of distances over which PEF can be applied to characterize macromolecular conformations, making PEF competitive with the distance range accessible by fluorescence resonance energy transfer (FRET).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».