Exploring Mitochondrial Heterogeneity and Evolutionary Dynamics in Thelephora ganbajun through Population Genomics
Notice bibliographique
Résumé
Limited exploration in fungal mitochondrial genetics has uncovered diverse inheritance modes. The mitochondrial genomes are inherited uniparentally in the majority of sexual eukaryotes, our discovery of persistent mitochondrial heterogeneity within the natural population of the basidiomycete fungus Thelephora ganbajun represents a significant advance in understanding mitochondrial inheritance and evolution in eukaryotes. Here, we present a comprehensive analysis by sequencing and assembling the complete mitogenomes of 40 samples exhibiting diverse cox1 heterogeneity patterns from various geographical origins. Additionally, we identified heterogeneous variants in the nad5 gene, which, similar to cox1, displayed variability across multiple copies. Notably, our study reveals a distinct prevalence of introns and homing endonucleases in these heterogeneous genes. Furthermore, we detected potential instances of horizontal gene transfer involving homing endonucleases. Population genomic analyses underscore regional variations in mitochondrial genome composition among natural samples exhibiting heterogeneity. Thus, polymorphisms in heterogeneous genes, introns, and homing endonucleases significantly influence mitochondrial structure, structural variation, and evolutionary dynamics in this species. This study contributes valuable insights into mitochondrial genome architecture, population dynamics, and the evolutionary implications of mitochondrial heterogeneity in sexual eukaryotes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».