Variability in predicted deleterious mutations among barley accessions conserved ex situ
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Understanding the genetic cost for long‐term conservation of more than 7 million plant germplasm accessions in 1750 genebanks worldwide requires knowledge about the extent and variation of deleterious mutations within and among conserved germplasm collections. Our recent study revealed a wide range of mutations predicted to be deleterious to gene function and averaged sample‐wise mutation burden per deleterious locus across barley, wheat, oat, soybean, maize, rapa, and sunflower germplasm collections. Here we report the extent and variation of predicted deleterious mutations among nine accessions of a barley ( Hordeum vulgare L.) collection from an RNA‐Seq analysis of 16 individual samples of each accession. The assayed accessions were found to vary significantly in the number and proportion of single nucleotide polymorphisms (SNPs) predicted to be deleterious mutations (ranging from 242 to 314 with a mean of 270 and from 0.00073 to 0.00099 with a mean of 0.00086, respectively). Similarly, a significant variation was also observed in the averaged sample‐wise mutation burden estimates per deleterious locus, ranging from 0.541 to 0.747 with a mean of 0.681. Cultivar accessions had higher averages in the proportions of the predicted deleterious SNPs and in the averaged sample‐wise mutation burden estimates than landrace accessions (0.00090 vs. 0.00082 and 0.695 vs. 0.663, respectively). The estimates of deleterious base‐substitution mutations (×10 −8 ) for the nine accessions varied from 0.313 to 0.406 with a mean of 0.349. These within‐collection findings are useful for understanding the genetic cost in conserved germplasm and have implications for long‐term germplasm management and conservation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».