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Enregistrement W4401984659 · doi:10.1101/2024.08.28.610061

The transaminase-ω-amidase pathway is a redox switch in glutamine metabolism that generates α-ketoglutarate

2024· preprint· en· W4401984659 sur OpenAlexaff
Niklas Herrle, Pedro Felipe Malacarne, Timothy Warwick, Alfredo Cabrera‐Orefice, Yiheng Chen, Maedeh Gheisari, Souradeep Chatterjee, Matthias S. Leisegang, Tamim Sarakpi, Sarah Wionski, Melina Lopez, Ina Koch, Marcus Keßler, Sabine Klein, Frank Erhard Uschner, Jonel Trebicka, Steffen Brunst, Ewgenij Proschak, Stefan Günther, Mónica Rosas‐Lemus, Nina Baumgarten, Stephan Klatt, Thimoteus Speer, Ilka Wittig, Marcel H. Schulz, J. Brent Richards, Ralf Gilsbach, Travis T. Denton, Ingrid Fleming, Luciana Hannibal, Ralf P. Brandes, Flávia Rezende

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer, Hypoxia, and Metabolism
Établissements canadiensMcGill UniversityJewish General Hospital
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésAmidaseAlpha ketoglutarateTransaminaseGlutamineAlpha (finance)OmegaMetabolismGlutamine synthetaseChemistryBiochemistryEconomicsEnzymePhilosophyAmino acid

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Summary Oxidative stress is caused by short-lived molecules and metabolic changes belong to the fastest cellular responses. Here we studied how the endothelial cell metabolome reacts to acute oxidative challenges (menadione or H 2 O 2 ) to identify redox-sensitive metabolic enzymes. H 2 O 2 selectively increased α-ketoglutara ma te (αKGM), a largely uncharacterized metabolite produced by glutamine transamination and a yet unrecognized intermediate of endothelial glutamine catabolism. The enzyme nitrilase-like 2 ω-amidase (NIT2) converts αKGM to α-ketoglutarate (αKG). Reversible oxidation of specific cysteine in NIT2 by H 2 O 2 inhibited its catalytic activity. Furthermore, a variant in the NIT2 gene that decreases its expression is associated with high plasma αKGM level in humans. Endothelial-specific knockout mice of NIT2 exhibited increased levels of αKGM and impaired angiogenesis. Knockout of NIT2 impaired endothelial cell proliferation and sprouting and induced senescence. In conclusion, we show that the glutamine transaminase-ω-amidase pathway is a metabolic switch in which NIT2 is the redox-sensitive enzyme. The pathway is modulated in humans and functionally important for endothelial glutamine metabolism.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,218
Écart entre enseignants0,207 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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