Development of a Multiplex Real-Time PCR to Disambiguate Culicoides sonorensis within Culicoides variipennis Complex, the Proven Vector of Bluetongue and Epizootic Hemorrhagic Disease Viruses in North America
Notice bibliographique
Résumé
Species delimitation of Culicoides complex species can be challenging. Among species within the Culicoides variipennis complex, C. sonorensis is considered the primary vector of bluetongue virus (BTV) and epizootic hemorrhagic disease virus (EHDV) in North America. Morphological identification of C. sonorensis within the C. variipennis complex is laborious, time-consuming, and requires entomology expertise. Therefore, in this study we developed and validated a multiplex real-time PCR for rapid detection and differentiation of C. sonorensis from the two other main cryptic species (C. variipennis and C. occidentalis) within the C. variipennis complex. The assay targets the EF1α gene and has a built-in internal control targeting 18 S. The specificity and the sensitivity of the multiplex real-time PCR were evaluated using morphologically identified reference and field-collected specimens. The multiplex PCR was 100% specific when nucleic acid extracted from C. variipennis, sonorensis, and occidentalis specimens was tested. When nucleic acid extracted from pools of midges was tested, the multiplex PCR was able to detect all three Culicoides species with comparable sensitivity. The multiplex assay, however, failed to detect eight morphologically identified C. sonorensis specimens collected from Alberta in 2014. The EF1α gene sequences of these specimens formed a distinct phylogenetic cluster, amongst those from C. variipennis, sonorensis, and occidentalis, suggesting that they belong to a different species. We hypothesize that those specimens might be C. albertensis, the only other species remaining in the C. variipennis complex with known geographical distribution in North America. We believe that this highly sensitive and specific multiplex real-time PCR assay could be an effective tool for rapid detection and differentiation of C. sonorensis, the known vector of BTV and EHDV, in trap collections in future vector surveillance programs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».