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Enregistrement W4402025369 · doi:10.11646/zootaxa.5501.1.2

Incorporating New Datatypes to Enhance Species Delimitation: A Case Study in Rice Paddy Snakes (Homalopsidae: Hypsiscopus)

2024· article· en· W4402025369 sur OpenAlexaff
Justin M. Bernstein, Robert W. Murphy, Amy Lathrop, Sang Ngoc Nguyen, Nikolai L. Orlov, Bryan L. Stuart

Notice bibliographique

RevueZootaxa · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueAmphibian and Reptile Biology
Établissements canadiensRoyal Ontario MuseumToronto Public Health
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyEcologyEcological nicheHabitatCladeSpecies complexLineage (genetic)Phylogenetic treeTaxonomy (biology)Population

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Homalopsids (Old World Mud Snakes) include 59 semiaquatic species in Asia and Australasia that display an array of morphological adaptations, behaviors, and microhabitat preferences. These attributes make homalopsids an ideal model system for broader questions in evolutionary biology, but the diversity of this understudied group of snakes is still being described. Recognized species diversity in rice paddy snakes (Hypsiscopus) has recently doubled after nearly 200 years of taxonomic stability. However, the evolutionary distinctiveness of some populations remains in question. In this study, we compare mainland Southeast Asian populations of Hypsiscopus east and west of the Red River Basin in Vietnam, a known biogeographic barrier in Asia, using an iterative approach with molecular phylogenetic reconstruction, machine-learning morphological quantitative statistics, and ecological niche modeling. Our analyses show that populations west of the Red River Basin represent an independent evolutionary lineage that is distinct in genetics, morphospace, and habitat suitability, and so warrants species recognition. The holotype of H. wettsteini, a species originally described in error from Costa Rica, grouped morphometrically with the population at the Red River Basin and eastward, and those west of the Red River Basin are referred to the recently described H. murphyi. The two species may have diversified due to a variety of geological and environmental factors, and their recognition exemplifies the importance of multifaceted approaches in taxonomy for downstream biogeographic studies on speciation scenarios.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,010
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,020
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,010
Score d'incertitude au seuil0,055

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0100,020
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0020,002
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,026
Tête enseignante GPT0,290
Écart entre enseignants0,264 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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