Detection of SARS-CoV-2 Variants Imported Through Land Borders at the Height of the COVID-19 Pandemic in Ghana, 2022
Notice bibliographique
Résumé
Background The World Health Organization recommends surveillance of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) at points of entry to systematically collect and analyze data to inform decisions about the effective and appropriate use of resources needed for interventions. This study sought to determine the prevalence of SARS-CoV-2 and its variants imported into Ghana by travelers entering the country via land borders from February to July 2022. Methods A cross-sectional approach was employed, where recruited participants consented to the collection of oropharyngeal and nasopharyngeal samples. Specimens were analyzed for the presence of SARS-CoV-2 ribonucleic acid (RNA) using a commercially available VeriQ nCoV-OM COVID-19 Multiplex Detection kit. Amplicon sequencing protocols (ARTIC network, Oxford Nanopore Technologies (ONT), New England Biolabs, British Columbia Centre for Disease Control (BCCDC), COVID-19 Genomics UK (COG-UK), Canadian COVID-19 Genomics Network (CanCOGen), and ONT MinION) were used for SARS-CoV-2 sequencing. Logistic regression and phylogenetic analyses were conducted on the generated data. Results We detected a SARS-CoV-2 prevalence of 3.6% (170/4,621) among a total of 4,621 travelers screened. The average age of travelers was 32.11 ± 11.77, with the majority being male (68%, 3,132/4,621). After adjusting for educational status, household size, vaccination status, and study site, those with primary and tertiary education levels had 1.74 (95% CI: 1.16-2.62, P = 0.007) and 2.27 (95% CI: 1.27-4.05, P = 0.006) higher odds of testing positive for SARS-CoV-2 compared to those with no education. Vaccinated travelers had 0.65 odds (95% CI: 0.48-0.89, P = 0.007) of testing positive for SARS-CoV-2. The Omicron variant (B.1.1.529) emerged as the predominant lineage, constituting 77% (27/35) of isolates, compared to Alpha, Delta, and Recombinant variants. Phylogenetic analysis corroborated this finding, highlighting Delta and Omicron as the dominant circulating SARS-CoV-2 variants. Notably, Ghanaian strains from this study clustered with global variants, suggesting multiple introductions, likely through land borders. Conclusion A low prevalence of SARS-CoV-2 was recorded in this study, prompting the decision to reopen land borders and ease pandemic-related travel restrictions. Omicron was identified as the dominant variant. These findings emphasize the crucial role of routine surveillance at port health and advocate for a collaborative approach to addressing public health crises, preventing unnecessary travel and trade restrictions through data-based decision-making.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».