Comparative Studies of Structure and Regulatory Genes Controlling Pectinase Expression in Soft Rot Pectobacterium carotovorum NM-NRC;-Multistep Mutagenesis, Purification and Molecular Docking Studies For the Over-Production of Pectinase
Notice bibliographique
Résumé
In this study, the pectinase activity investigated and assessed of 50 bacterial strains isolated from various rotting fruits and vegetables. Isolate No. 10, which measured 52.42 U/ml had the highest activity, was identified molecularly using the 16Sr DNA gene as Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum NM-NRC and deposited in the NCBI database with accession number OQ256290. Successive mutagenesis was performed utilizing ultraviolet, ethyl methansulfonate, and ethidium bromide for Pectobacterium carotovorum NM-NRC. A mutants assigned as Pectobacterium carotovorum E-36, displayed pectinase actions of 136.24 U/ml. To optimize the ideal conditions for pectinase expression, applied the Reaction Surface Strategy (RSM) to Pectobacterium carotovorum NM-NRC mutant E-36. The most significant pectinase-specific activity of 214.34 U/ml was under culture conditions of pH 9, 72 hours of hatching, and 2.5% lactose and 0.5% malt extract as carbon and nitrogen sources, respectively.Two pectinase isoenzymes (PecI and PecII) mutant E-36 have been isolated to homogeneity. Using SDS-PAGE electrophoresis, the primary isoenzyme PecII demonstrated molecular weight of 37 kDa. The 3D structure of the modeled polygalacturonase (PGase), pectate lyase (PL) and pectinesterase (PE) and regulatory gene (KdgR) proteins was validated using Ramachandran’s plot, which indicated that a high percentage were in the most favored region of the amino acid residues and docking studies revealed optimal binding affinities of the PGase, PL, PE and KdgR proteins with pectin substrate that was with high values of affinity score for the template strain Pectobacterium carotovorum strain PCC21, strain Pectobacterium NM-NRC and mutant Pectobacterium NM-NRC E-36; respectively.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».