Deciphering glial contributions to CSF1R-related disorder via single-nuclear transcriptomic profiling: a case study
Notice bibliographique
Résumé
Abstract CSF1R-related disorder (CSF1R-RD) is a neurodegenerative condition that predominantly affects white matter due to genetic alterations in the CSF1R gene, which is expressed by microglia. We studied an elderly man with a hereditary, progressive dementing disorder of unclear etiology. Standard genetic testing for leukodystrophy and other neurodegenerative conditions was negative. Brain autopsy revealed classic features of adult-onset leukoencephalopathy with axonal spheroids and pigmented glia (ALSP), including confluent white matter degeneration with axonal spheroids and pigmented glial cells in the affected white matter, consistent with CSF1R-RD. Subsequent long-read sequencing identified a novel deletion in CSF1R that was not detectable with short-read exome sequencing. To gain insight into potential mechanisms underlying white matter degeneration in CSF1R-RD, we studied multiple brain regions exhibiting varying degrees of white matter pathology. We found decreased CSF1R transcript and protein across brain regions, including intact white matter. Single nuclear RNA sequencing (snRNAseq) identified two disease-associated microglial cell states: lipid-laden microglia (expressing GPNMB , ATG7 , LGALS1 , LGALS3 ) and inflammatory microglia (expressing IL2RA , ATP2C1 , FCGBP , VSIR , SESN3 ), along with a small population of CD44 + peripheral monocyte-derived macrophages exhibiting migratory and phagocytic signatures. GPNMB + lipid-laden microglia with ameboid morphology represented the end-stage disease microglia state. Disease-associated oligodendrocytes exhibited cell stress signatures and dysregulated apoptosis-related genes. Disease-associated oligodendrocyte precursor cells (OPCs) displayed a failure in their differentiation into mature myelin-forming oligodendrocytes, as evidenced by upregulated LRP1, PDGFRA, SOX5, NFIA , and downregulated NKX2-2, NKX6.2, SOX4, SOX8, TCF7L2, YY1, ZNF488 . Overall, our findings highlight microglia–oligodendroglia crosstalk in demyelination, with CSF1R dysfunction promoting phagocytic and inflammatory microglia states, an arrest in OPC differentiation, and oligodendrocyte depletion.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».