Expert panel curation of 31 genes in relation to limb girdle muscular dystrophy
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: Limb girdle muscular dystrophies (LGMDs) are a group of genetically heterogeneous autosomal conditions with some degree of phenotypic homogeneity. LGMD is defined as having onset >2 years of age with progressive proximal weakness, elevated serum creatine kinase levels and dystrophic features on muscle biopsy. Advances in massively parallel sequencing have led to a surge in genes linked to LGMD. METHODS: The ClinGen Muscular Dystrophies and Myopathies gene curation expert panel (MDM GCEP, formerly Limb Girdle Muscular Dystrophy GCEP) convened to evaluate the strength of evidence supporting gene-disease relationships (GDR) using the ClinGen gene-disease clinical validity framework to evaluate 31 genes implicated in LGMD. RESULTS: The GDR was exclusively LGMD for 17 genes, whereas an additional 14 genes were related to a broader phenotype encompassing congenital weakness. Four genes (CAPN3, COL6A1, COL6A2, and COL6A3) were split into two separate disease entities, based on each displaying both dominant and recessive inheritance patterns, resulting in curation of 35 GDRs. Of these, 30 (86%) were classified as definitive, 4 (11%) as moderate, and 1 (3%) as limited. Two genes, POMGNT1 and DAG1, though definitively related to myopathy, currently have insufficient evidence to support a relationship specifically with LGMD. INTERPRETATION: The expert-reviewed assertions on the clinical validity of genes implicated in LGMDs form an invaluable resource for clinicians and molecular geneticists. We encourage the global neuromuscular community to publish case-level data that help clarify disputed or novel LGMD associations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,062 | 0,097 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».