Abstract IA021: Neogenes induced by oncogenic chimeric transcription factors as potential targets for therapy
Notice bibliographique
Résumé
Abstract We recently showed that oncogenic chiemeric transcription factors (OCTF) of various pediatric cancers induce the expression of highly tumor-specific long intergenic non coding RNAs which are not expressed in normal tissues and which we called neogenes. Since recent reports indicate that such LincRNA may not be as non-coding as initially thought we sought for potential peptides encoded by these neogenes. Using the EWSR1::FLI1 chimera of Ewing sarcoma as a paradigm of such chimeras and through Riboseq profiling and whole cell proteomics we indeed show that some of these neogenes encode peptides. Immunopeptidomic experiments were performed on a series of Ewing sarcoma cell lines and PDX and further showed that peptides encoded by Ewing-specific neogenes are associated with MHC-Class I molecules at the surface of Ewing cells. Ewing peptide-specific CD8 T-cells were isolated from healthy donors. We show that these cytotoxic T-cells can be activated by Ewing cells to secrete cytokins, They can also kill Ewing cells. This killing is specific for the MHC-Class I types, specific for Ewing sarcoma cells as compared to other tumor types and is strictly deendent upon the expression of EWSR1::FLI1 that regulates the neogenes and of the expression of the neogene encoding the peptide. These data support the idea that OCTF-specific neogenes may constitute an interesting resource for various immunotherapy approaches including vaccination, BiTE or TCR-T-cell therapy. Citation Format: Floriane Petit, Ana Lalanne, Céline Collin, Joshua Waterfall, Olivier Lantz, Olivier Delattre. Neogenes induced by oncogenic chimeric transcription factors as potential targets for therapy [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference in Cancer Research: Advances in Pediatric Cancer Research; 2024 Sep 5-8; Toronto, Ontario, Canada. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2024;84(17 Suppl):Abstract nr IA021.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».