Abstract B026: Infant ALL without KMT2A rearrangements harbor clinically relevant alterations and share common origins with childhood ALL
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Infant acute lymphoblastic leukemia (ALL) is characterized by high frequency of rearrangements in KMT2A (KMT2Ar), associated with poor outcomes. Infants lacking KMT2Ar typically have superior outcomes, but remain understudied. Here, we use whole genome and transcriptome sequencing to define driver mutations and transcriptional phenotypes in non-KMT2Ar infant ALL. Based on two index cases, we initially suspected that some infants with high-risk clinical features harbored clinically undetected non-canonical alterations to the KMT2A gene; however, we find no such evidence in our data. Instead, we find that these infants acquire other clinically relevant features such as Ph-like expression signatures, fusions impacting ZNF384, TCF3, ETV6::RUNX1, PAX5 or NUTM1, and events in known tumor genes such as CDKN2A, NOTCH1, and others. By mapping transcriptional profiles between infant and childhood B-ALL, we find that - in the absence of KMT2Ar - infant ALL resembles well defined childhood B-ALL subtypes, sharing the same genetic drivers. NUTM1 fusions are particularly enriched in infants compared to older children, and are associated with decreased MHC-Class II expression and B-cell developmental signaling pathways. Ph-like transcriptional signatures were apparent in several infants and confirmed by machine learning driven classification. Overall, our data support a common developmental origin of ALL without KMT2Ar in infants and children. Citation Format: Matthew Zatzman, Jennifer Seelisch, Federico Comitani, Fabio Fuligni, Scott Davidson, Kyoko E. Yuki, Lisa-Monique Edwards, Ledia Brunga, Erin Guest, Stephen P. Hunger, Mignon L. Loh, Elizabeth A. Raetz, John Chen, Jack Bartram, Johann K. Hitzler, Patrick A. Brown, Sumit Gupta, Adam Shlien. Infant ALL without KMT2A rearrangements harbor clinically relevant alterations and share common origins with childhood ALL [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference in Cancer Research: Advances in Pediatric Cancer Research; 2024 Sep 5-8; Toronto, Ontario, Canada. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2024;84(17 Suppl):Abstract nr B026.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».