Abstract A052 Project HOPE: A spatiotemporal single-cell landscape of high-grade gliomas in children, adolescents and young adults
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Despite the growing insights into the cellular heterogeneity of pediatric brain tumors, the transcriptional changes and spatial reorganization during disease progression remain largely unexplored. Here, we present an in-depth single-cell and 10X Xenium spatial transcriptomic characterization of 24 matched pediatric high-grade gliomas (pHGGs) in children, adolescents and young adults (AYA) profiled at both diagnosis and recurrence - constituting a total of 55 tissue samples. By stratifying the transcriptional programs activated at recurrence, we identify two distinct global response sets. Hemispheric AYA tumors predominantly exhibit upregulation of extracellular matrix pathways at recurrence, whereas midline tumors preferentially activate generic stress response programs. On a cellular level, we find that heterogeneity within the malignant tumor compartment remains largely unchanged at recurrence. However, a subset of AYA patients with hemispheric pHGG shows enrichment of the neural-progenitor-like (NPC-like) tumor cell state, and compositional changes in the immune and normal cell landscape, characterized by a global decrease in myeloid cells and an increase in oligodendrocyte fractions. Those changes lead, in turn, to enhanced NPC-like tumor cell-to-oligodendrocyte interactions. Spatial analysis of our extensive cohort at unprecedented subcellular resolution further reveals distinct cellular and spatial features associated with tumor progression, particularly in the remodeling of cell-cell interactions and tumor cell neighborhoods. Overall, this study provides a comprehensive longitudinal single-cell and spatial atlas of pHGG, uncovering the extensive cellular heterogeneity associated with tumor progression. Our findings highlight the role of intrinsic and extrinsic tumor adaptations in shaping disease progression in pHGG, offering potential novel therapeutic targets. Citation Format: Sara G. Danielli, Sina Neyazi, Olivia A. Hack, Li Jiang, Costanza Lo Cascio, Andrezza Nascimento, Cuong Nguyen, Jacob Rozowsky, Ilon Liu, Owen Hoare, Karin Shamardani, Kennedy Cunliffe-Koehler, Johannes Gojo, Keith L. Ligon, Lissa Baird, Sanda Alexandrescu, Jennifer Cotter, Michael Prados, Adam Resnick, Lin Wang, Michelle Monje, Aaron Diaz, Mariella G. Filbin. Project HOPE: A spatiotemporal single-cell landscape of high-grade gliomas in children, adolescents and young adults [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference in Cancer Research: Advances in Pediatric Cancer Research; 2024 Sep 5-8; Toronto, Ontario, Canada. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2024;84(17 Suppl):Abstract nr A052.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».