Abstract A012 Unravelling the role of METTL1 in Myc driven pediatric cancers using CRISPR Cas13d
Notice bibliographique
Résumé
Abstract METTL1 is an RNA methyltransferase which catalyzes N7-methylguanosine (m7G) methylation on various RNAs, particularly on tRNAs. METTL1 has been reported to be amplified and/or overexpressed and high expression correlates with poor patient prognosis in different types of adult cancers. Our ZERO Childhood Cancer Program focuses on identifying and validating potential new drug targets and developing novel therapies for clinical use. ZERO has sequenced the whole genome and transcriptome in over 500 high-risk pediatric tumors and found that METTL1 gene copy number and gene expression are significantly higher in a subset of high-grade glioma, neuroblastoma, diffuse midline glioma and fusion positive rhabdomyosarcoma. Analysis of the publicly available SEQC microarray dataset showed that high METTL1 expression correlates with poor outcomes in MYCN amplified neuroblastoma patients. We validated the functional roles of METTL1 gene amplification and overexpression in a few pediatric cancer cell line models using the Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR) Cas13d knockdown system, in dual lentiviral constructs. We found that knocking down METTL1 significantly decreased METTL1 amplified neuroblastoma and rhabdomyosarcoma cell viability and colony formation but not in METTL1 non-amplified neuroblastoma and rhabdomyosarcoma cells. Gene Set Enrichment Analysis from RNA sequencing data revealed that knocking down METTL1 resulted in a decrease in Myc target gene expression, and an increased in apoptosis, interferon alpha response and p53 pathway hallmarks. Western blot analysis confirmed that knocking down METTL1 led to a decrease in the MCL-1 antiapoptotic protein expression and an increase in the proapoptotic protein expression such as cleaved PARP and caspase 3. Taken together, our data demonstrate that METTL1 is a potential therapeutic target in METTL1 amplified pediatric cancers. Citation Format: Pei Y. Liu, Steven He, Chelsea Mayoh, Alice Salib, Antoine De Weck, Paul G. Ekert. Unravelling the role of METTL1 in Myc driven pediatric cancers using CRISPR Cas13d [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference in Cancer Research: Advances in Pediatric Cancer Research; 2024 Sep 5-8; Toronto, Ontario, Canada. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2024;84(17 Suppl):Abstract nr A012.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».