Abstract B060: Clonal composition of αβ and γδ T cells in primary human neuroblastoma tumors – Is every child unique?
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Alpha beta (ab) T cells are immune cells that play a key role in the adaptive immune system. Over the years many different ab T cell subtypes have been defined including cells with anti-tumor cytotoxic functions. Gamma delta (gd) T cells are considered the bridge between innate and adaptive immunity. While rules of antigen recognition by gd T cells remain poorly understood, this recognition takes place in the absence of classical antigen presentation on MHC molecules. In neuroblastoma (NB), the most common and deadly extracranial tumor in children, different subtypes of T cells have been identified in the tumor microenvironment (TME) and their presence is correlated to improved prognosis. However, it remains unknown whether T cells in the TME have clonally expanded, and if yes, which antigens they recognize. Our aim is thus to uncover the clonal composition of T cells in primary human NB tumors including to elucidate ligand recognition in gd T cells. To address these questions, we performed flow cytometry analysis to elucidate gd T cell composition in 14 patient samples, and additionally performed single-cell (sc) RNA/VDJ-seq experiments to characterize clonal composition and functional states of ab and gd T cells infiltrating NB tumors from 11 patients for which 4 had a matched blood sample. In patients' blood, as expected, most gd T cells detected were Vg9Vd2+ cells. In contrast, the majority of detected infiltrating gd T cells in NB tumors were Vd1+ cells. scRNA/VDJ-seq experiments revealed prominent clonal expansion of both ab and gd T cells varying between patients. Clonal expansion was particularly prominent for gd T cells in one female intermediate risk patient’s tumor where nearly half of the cells represented one of the two top expanded clones with unique Vd1 and Vd3 TCRs. Interestingly, we detected Vd1/ Vd3 expanded clones with both a clear cytotoxic signature and with a possible wound healing phenotype. Taken together, drastic clonal expansion of both ab and gd T cells in NB suggests that these cells may recognize antigens present in the TME providing possibilities for immunotherapy. Citation Format: Bronte Manouk Verhoeven, Kewei Ye, Jakob Stenman, Per Kogner, John Inge Johnsen, Oscar Bedoya Reina, Taras Kreslavskiy, Ninib Baryawno. Clonal composition of αβ and γδ T cells in primary human neuroblastoma tumors – Is every child unique [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference in Cancer Research: Advances in Pediatric Cancer Research; 2024 Sep 5-8; Toronto, Ontario, Canada. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2024;84(17 Suppl):Abstract nr B060.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».