A Gaussia luciferase reporter assay for the evaluation of coronavirus Nsp5/3CLpro activity
Notice bibliographique
Résumé
Human coronaviruses (hCoVs) infect millions of people every year. Among these, MERS, SARS-CoV-1, and SARS-CoV-2 caused significant morbidity and mortality and their emergence highlights the risk of possible future coronavirus outbreaks. Therefore, broadly-active anti-coronavirus drugs are needed. Pharmacological inhibition of the hCoV protease Nsp5 (3CLpro) is clinically beneficial as shown by the wide and effective use of Paxlovid (nirmatrelvir, ritonavir). However, further treatment options are required due to the risk of drug resistance. To facilitate the assessment of coronavirus protease function and its pharmacological inhibition, we developed an assay allowing rapid and reliable quantification of Nsp5 activity under biosafety level 1 conditions. It is based on an ACE2-Gal4 transcription factor fusion protein separated by a Nsp5 recognition site. Cleavage by Nsp5 releases the Gal4 transcription factor, which then induces the expression of Gaussia luciferase. Our assay is compatible with Nsp5 proteases from all hCoVs and allows simultaneous measurement of inhibitory and cytotoxic effects of the tested compounds. Proof-of-concept measurements confirmed that nirmatrelvir, GC376 and lopinavir inhibit SARS-CoV-2 Nsp5 function. Furthermore, the assay accurately predicted the impact of Nsp5 mutations on catalytic activity and inhibitor sensitivity. Overall, the reporter assay is suitable for evaluating viral protease activity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,004 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».