A “terminal” case of glycan catabolism: Structural and enzymatic characterization of the sialidases of Clostridium perfringens
Notice bibliographique
Résumé
Sialic acids are commonly found on the terminal ends of biologically important carbohydrates, including intestinal mucin O -linked glycans. Pathogens such as Clostridium perfringens , the causative agent of necrotic enteritis in poultry and humans, have the ability to degrade host mucins and colonize the mucus layer, which involves removal of the terminal sialic acid by carbohydrate-active enzymes (CAZymes). Here, we present the structural and biochemical characterization of the GH33 catalytic domains of the three sialidases of C. perfringens and probe their substrate specificity. The catalytically active domains, which we refer to as NanH GH33 , NanJ GH33 , and NanI GH33 , displayed differential activity on various naturally occurring forms of sialic acid. We report the X-ray crystal structures of these domains in complex with relevant sialic acid variants revealing the molecular basis of how each catalytic domain accommodates different sialic acids. NanH GH33 displays a distinct preference for α-2,3-linked sialic acid, but can process α-2,6-linked sialic acid. NanJ GH33 and NanI GH33 both exhibit the ability to process α-2,3- and α-2,6-linked sialic acid without any significant apparent preference. All three enzymes were sensitive to generic and commercially available sialidase inhibitors, which impeded sialidase activity in cultures as well as the growth of C. perfringens on sialylated glycans. The knowledge gained in these studies can be applied to in vivo models for C. perfringens growth and metabolism of mucin O -glycans, with a view toward future mitigation of bacterial colonization and infection of intestinal tissues.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».