Legume genome structures and histories inferred from Cercis canadensis and Chamaecrista fasciculata genomes
Notice bibliographique
Résumé
The legume family originated ca. 60-65 million years ago and soon diversified into at least six lineages (now extant subfamilies). The signal of whole genome duplications (WGD) is apparent in species sampled from all six subfamilies. The early diversification has posed difficulties for resolving the legume backbone structure and the timing of WGDs, especially in Caesalpinioideae where the diversification and WGD signals coincide. In this study, we report the genome sequences and annotations for Cercis canadensis (Cercidoideae) and Chamaecrista fasciculata (Caesalpinioideae) to help resolve the timings of WGDs relative to subfamily origins and the ancestral legume karyotype. Analyses of genome assemblies from four subfamilies within Fabaceae show that the last common ancestor of all legumes likely had seven chromosomes, with a genome structure similar to the extant Cercis genome. The retained karyotype structure, the lack of a WGD in the last 100+ Mya (Cercis and the lineage leading to it following the eudicot γ whole-genome triplication), and the unusually slow rates of nucleotide substitution and structural evolution in the Cercis genome underscore its utility as a genomic proxy for the last common ancestor of all legume species. Our analysis supports an allopolyploid origin of Caesalpinioideae, with progenitors from lineages along the backbone of the legume phylogeny. Rapid diversification and the inferred allopolyploid origin of Caesalpinioideae provide a partial explanation for the difficulty in resolving the backbone of the legume phylogeny and early Caesalpinioideae diversification.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».