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Enregistrement W4402354589 · doi:10.1101/2024.09.07.611822

Conflicting roles of cell geometry, microtubule deflection and orientation-dependent dynamic instability in cortical array organization

2024· preprint· en· W4402354589 sur OpenAlexafffund
Tim Y. Y. Tian, Geoffrey O. Wasteneys, Colin B. Macdonald, Eric N. Cytrynbaum

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMicrotubule and mitosis dynamics
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésInstabilityMicrotubuleDeflection (physics)GeometryPhysicsMaterials scienceClassical mechanicsMechanicsMathematicsBiologyCell biology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The self-organization of cortical microtubule arrays within plant cells is an emergent phenomenon with important consequences for the synthesis of the cell wall, cell shape, and subsequently the structure of plants. Mathematical modelling and experiments have elucidated the underlying processes involved. There has been recent interest in the influence of geometric cues on array orientation, be it direct (cell shape) or indirect (tension in the membrane). However, the mechanical influence of membrane curvature on these elastic filaments has largely been ignored. A previous model was proposed to describe how the anchoring process may control the deflection of individual microtubules seeking to minimize bending on a cylindrical cell. We incorporate this process into a model of interacting microtubules and find the cell curvature influence to be significant: the array favours orientations parallel to the direction of elongation rather than the expected transverse direction. Even without elasticity, the geometry of large cells hinders robust microtubule organization. These results suggest the necessity of additional processes to overcome these factors. We propose an orientation-dependent catastrophe rate, hypothetically caused by cellulose microfibrils impeding microtubule polymerization. We find a combination of anchoring and impedance to be sufficient to generate transverse arrays despite the geometric influences. Significance Statement The organization of microtubule (MT) polymers into parallel arrays along the two-dimensional cortex of plant cells is crucial for directional cell growth and plant development. Despite decades of experimentation and more recent computational modelling, understanding the mechanisms that orient cortical MTs remains incomplete. With computational modelling, we have re-examined an assumption common to many models: that MTs grow along straight (geodesic) paths rather than minimizing bending. We model MT bending, and find a significant disruption of transverse MT ordering, especially in larger cells. We find that angle-dependent MT behaviour can counteract the effect of bending in certain contexts.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,231
Écart entre enseignants0,226 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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