eLife Assessment: Arabidopsis SDG proteins mediate Polycomb removal and transcription-coupled H3K36 methylation for gene activation
Notice bibliographique
Résumé
Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) recognizes Polycomb response elements (PREs) and catalyzes trimethylation of histone H3 on lysine 27 (H3K27me3) for gene silencing. This silencing is counteracted by H3K36 methylation for epigenetic activation of gene expression. Here, we show that the Arabidopsis thaliana H3K36 methyltransferases SET DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 7 (SDG7) and SDG8 antagonize PRC2-mediated silencing and establish H3K36 methylation patterns with the general transcription machinery. The sdg7 sdg8 double mutant shows developmental defects and lower H3K36me2 and H3K36me3 levels. SDG7 preferentially binds near PREs, but SDG8 is recruited to H3K36 methylation peaks. The sdg7 sdg8 phenotypes are partially rescued by loss of Polycomb function. SDG7 overlaps with PRC2 and its recruiters on chromatin and evicts them from shared target genes when conditionally induced. SDG8 and RNA Polymerase II associate at SDG- and RNA POLYMERASE II ASSOCIATED FACTOR 1 complex-regulated targets for H3K36 methylation and transcription. These results suggest that SDG proteins evict PRC2 from PREs to prevent H3K27me3 deposition and activate target genes via transcription-coupled H3K36 methylation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,095 | 0,068 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».