Genome-wide association studies for growth and feed efficiency traits in American mink
Notice bibliographique
Résumé
The objective of this study was to identify potential genetic variants and positional candidate genes associated with growth and feed efficiency traits in American mink. Genome-wide association studies (GWAS) were performed using deregressed estimated breeding values of 1037–1872 individuals (as pseudophenotypes), genotyped with the Affymetrix Mink 70K single nucleotide polymorphism (SNP) array. A total of 42 SNPs located on 11 different chromosomes were significantly (false discovery rate < 0.01) associated with six growth and feed efficiency traits. Furthermore, 153 genes were identified within 1-Mb windows flanking these significant SNPs. Several positional candidate genes such as TUBB, CDKN1A, SRSF3, GPRC6A, RFX6, and KPNA5 were previously associated with feed efficiency and growth traits in other livestock species. The Gene Ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) analyses revealed that these genes were involved in lipid metabolism, hormone signaling and regulation, and muscle development. To our knowledge, this is the first GWAS to identify genetic variants and biological mechanisms associated with growth and feed efficiency traits in American mink. These findings provide a biological foundation for improving these traits using genomic selection programs to select more efficient mink.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».