Heterogeneity in establishment of polyethylene glycol-mediated plasmid transformations for five forest pathogenic Phytophthora species
Notice bibliographique
Résumé
Plasmid-mediated DNA transformation is a foundational molecular technique and the basis for most CRISPR-Cas9 gene editing systems. While plasmid transformations are well established for many agricultural Phytophthora pathogens, development of this technique in forest Phytophthoras is lacking. Given our long-term research objective to develop CRISPR-Cas9 gene editing in a forest pathogenic Phytophthora species, we sought to establish the functionality of polyethylene glycol (PEG)-mediated plasmid transformation in five species: P. cactorum, P. cinnamomi, P. cryptogea, P. ramorum, and P. syringae. We used the agricultural pathogen P. sojae, a species for which PEG-mediated transformations are well-established, as a transformation control. Using a protocol previously optimized for P. sojae, we tested transformations in the five forest Phytophthoras with three different plasmids: two developed for CRISPR-Cas9 gene editing and one developed for fluorescent protein tagging. Out of the five species tested, successful transformation, as indicated by stable growth of transformants on a high concentration of antibiotic selective growth medium and diagnostic PCR, was achieved only with P. cactorum and P. ramorum. However, while transformations in P. cactorum were consistent and stable, transformations in P. ramorum were highly variable and yielded transformants with very weak mycelial growth and abnormal morphology. Our results indicate that P. cactorum is the best candidate to move forward with CRISPR-Cas9 protocol development and provide insight for future optimization of plasmid transformations in forest Phytophthoras.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».