Thiophosphate Bioisosteres of Inositol Hexakisphosphate Enhances Binding Affinity and Residence Time to Bacterial Virulence Factors.
Notice bibliographique
Résumé
Inositol phosphates are essential for mammalian cell signalling with critical roles in cellular processes. The fully phosphorylated inositol phosphate, myo-inositol hexakisphosphate (IP6), modulates numerous eukaryotic proteins and virulence factors. It has been suggested that the high charge density of IP6 causes restructuring of virulence factors in mammalian cells, activating their site-specific enzymatic activity. IP6 is challenging to study due to its phytase instability, hydrophilicity, and propensity to precipitate. Here we suggest the thiophosphate bioisostere, myo-inositol hexakisthiophosphate (IT6) will mitigate these issues, as thiophosphate substitution has been found to be phytase resistant, improve lipophilicity, and solubility. Assessment of the chemical properties of IT6 has indeed validated these characteristics. In addition, we performed biophysical characterization of the IT6 binding event with the virulence factors Salmonella enterica serovar Typhimurium AvrA, Vibrio parahaemolyticus VopA, and Clostridioides difficile TcdB. Our data shows that the higher charge density of IT6 increased its binding affinity and residence time to the proteins, which improved stabilization of the bound-state. IT6 is a valuable tool for structural biology research and the described biophysical characteristics of thiophosphate substitution is of value in medicinal chemistry.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».