Adaptation to Environmental Stressors Conferred by Gene Copy Number Variation in Herbicide Resistant Amaranthus palmeri
Notice bibliographique
Résumé
Many rampant agricultural weeds have been found to contain gene copy number variation, a genetic adaptation that can facilitate the evolution of stress resistance. Amaranthus palmeri is a highly competitive and problematic agricultural weed in the United States which continues to naturalize, spreading northward to Canada. A.palmeri has gained attention due to its rapid evolution of herbicide resistance— a mechanism conferred by gene copy number variation of EPSPS. Researchers hypothesize that this gene is contained within an amplicon alongside other stress tolerance related genes. This raises the question of whether increased EPSPS gene copy number is associated with higher tolerance to environmental stressors, beyond herbicide stress. To prepare for addressing this hypothesis, I conducted a pilot project testing the ideal conditions for germination of A.palmeri. I planted 200 seeds divided between greenhouse and growth chamber environments. Many seeds benefit from a period of cold as a signal to break dormancy, thus, each category was further divided into two treatments: control and cold stratified (seeds were incubated in a –23 cold room for a week). I was interested in whether the increased consistency of temperature, light intensity, and photoperiod provided by a growth chamber, relative to a greenhouse, would increase germination rates. Results indicate that greenhouse grown seedlings had a 71% germination rate and within each treatment, 86% of cold stratified plants germinated while only 56% of the control group germinated. Whereas in the growth chamber, surprisingly only 26% of plants germinated with a breakdown of 22% cold stratified and 30% control. Thus, to germinate enough plants for a large-scale experiment, I chose to cold stratify seeds and grow them in the greenhouse for my undergraduate thesis. In this common garden experiment, I am currently growing 500 plants which will be divided into four stress treatment categories: control, salinity, drought, and salinity x drought. Using phenotypic measurements and digital droplet PCR (ddPCR) to quantify EPSPS gene copy number, I will test for a possible association between plants with a higher tolerance to these simulated environmental stressors and the presence of increased EPSPS gene copy number.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».