Development of a 96 SNP panel for fecal genotyping and individual identification of bobcats (Lynx rufus) in California
Notice bibliographique
Résumé
Spatial mark-recapture abundance estimates obtained from fecal genotyping are becoming an essential component of conservation of carnivores. The bobcat ( Lynx rufus ) is a widespread carnivore in California, USA, that until recently lacked robust demographic data. To facilitate a statewide abundance study, we created a single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping panel for individual identification. For SNP discovery, we performed restriction site-associated DNA sequencing (RADseq) on 78 samples collected throughout California and subsequently designed a panel of 96 SNPs for sequencing on a microfluidic platform. This panel includes loci to identify sex and differentiate bobcats from other common carnivores. The panel reliably differentiates individuals when using DNA extracted from feces, with 89% of samples amplifying at > 90% of SNPs. Importantly, we found autosomal SNPs were monomorphic in the closely related Canada lynx ( L. canadensis ) suggesting the panel would still be effective for bobcat study in areas of sympatry. Fecal genotyping provides a cost-effective, noninvasive method for population monitoring and detecting individual movement. Our panel generates standardized genotypes that can be analyzed across laboratories and used for continued bobcat monitoring in California and other western states.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».