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Enregistrement W4402461761 · doi:10.1101/2024.09.10.612343

Hypoxia and loss of <i>GCM1</i> expression prevents differentiation and contact inhibition in human trophoblast stem cells

2024· preprint· en· W4402461761 sur OpenAlexafffund
Jessica Cinkornpumin, Sin Young Kwon, Anna-Maria Prandstetter, Theresa Maxian, Jacinthe Sirois, Joy Zhang, Deepak Saini, Purbasa Dasgupta, Mariyan J. Jeyarajah, Stephen J. Renaud, Soumen Paul, Sandra Haider, William A. Pastor

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePregnancy and preeclampsia studies
Établissements canadiensWestern UniversityMcGill University
Organismes subventionnairesFonds de Recherche du Québec - SantéNational Institutes of HealthCanadian Institutes of Health ResearchHospital for Sick ChildrenAustrian Science FundMcGill University
Mots-clésTrophoblastHypoxia (environmental)Cell biologyStem cellContact inhibitionChemistryBiologyCellBiochemistryOxygenPregnancyGeneticsPlacentaFetus

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The placenta develops alongside the embryo and nurtures fetal development to term. During the first stages of embryonic development, due to low blood circulation, the blood and ambient oxygen supply is very low (∼1-2% O 2 ) and gradually increases upon placental invasion. While a hypoxic environment is associated with stem cell self-renewal and proliferation, persistent hypoxia may have severe effects on differentiating cells and could be the underlying cause of placental disorders. We find that human trophoblast stem cells (hTSC) thrive in low oxygen, whereas differentiation of hTSC to trophoblast to syncytiotrophoblast (STB) and extravillous trophoblast (EVT) is negatively affected by hypoxic conditions. The pro-differentiation factor GCM1 (human Glial Cell Missing-1) is downregulated in low oxygen, and concordantly there is substantial reduction of GCM1-regulated genes in hypoxic conditions. Knockout of GCM1 in hTSC caused impaired EVT and STB formation and function, reduced expression of differentiation-responsive genes, and resulted in maintenance of self-renewal genes. Treatment with a PI3K inhibitor reported to reduce GCM1 protein levels likewise counteracts spontaneous or directed differentiation. Additionally, chromatin immunoprecipitation of GCM1 showed enrichment of GCM1-specific binding near key transcription factors upregulated upon differentiation including the contact inhibition factor CDKN1C. Loss of GCM1 resulted in downregulation of CDKN1C and corresponding loss of contact inhibition, implicating GCM1 in regulation of this critical process.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,225
Écart entre enseignants0,212 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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