427 Impact of late gestation slow-release nitrogen-enriched diets on energy metabolism in calf skeletal muscle: A proteomic and transcriptomic approach
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The current study aimed to determine the enriched biological processes, through proteomic and transcriptomic data, associated with maternal slow-release nitrogen diets received during late gestation and their effects on the skeletal muscle of offspring. From d 180 to d 268 of gestation, a total of 16 pregnant Brahman cows were divided into two groups: a control (CON, n = 12) low crude protein (CP) basal diet (6% of CP, ad libitum) plus mineral mixture (130 gּ cow-1ּ d-1), or the CON treatment supplemented with a slow-released N (SRN, n = 9) based protein concentrate supplement [40% CP, fed 2 g/kg of body weight (BW)/d in the morning) composed by corn, soybean meal, urea and a SRN source (Timafeed Boost, Roullier Group, Saint-Malo, France). Muscle biopsies were performed on d 45 of age in calves for RNA sequencing (RNA-seq) and proteomic (HPLC-MS/MS) analyses. The quality control of RNAseq raw data was assessed using FASTQc software, with low-quality reads trimmed by Trimmomatic. Reads were mapped against the Bos taurus reference genome using STAR. Differentially expressed (DE) genes and isoforms, significant at an adjusted P-value ≤ 0.05, were identified using the limma package and Cuffdiff tool, respectively, in the R environment. Proteomic data was processed in MaxQuant against the Bos taurus reference proteome, with statistical analysis performed using the MSqRob package in R. Network analyses identified significant biological processes (adjusted P-value ≤ 0.05) among differentially abundant proteins (DAPs). Notably, while the experimental treatment did not affect transcript abundance, protein-level differences were observed. Enriched biological processes in SRN group skeletal muscle of calves included acetyl-CoA biosynthesis from pyruvate, mitochondrial respiratory chain complex assembly, regulation of calcium ion transmembrane transport, and several others related to energy and nitrogen metabolism. Protein-protein interaction network analyses revealed key processes such as ATP and glucose metabolism, tricarboxylic acid cycle, and sarcomere organization. Overall, our findings underscore the beneficial impact of slow-release nitrogen-enriched diets during late gestation on energy metabolism in calf skeletal muscle.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».