425 Altering methyl donors to beef heifers during the periconceptual period impacts fetal muscle transcript abundance
Notice bibliographique
Résumé
Abstract New findings in developmental programming show an increased importance of methyl donor availability; however, effects of changing methyl donor concentration on the fetal transcriptome have yet to be identified. Differential gene expression (DEG) was used to determine the impact of maternal supplementation of methionine (MET), an obligate methyl donor, and guanidinoacetic acid (GAA), a methyl donor consumer, during the periconceptual period on bovine fetal development. MARC II heifers [n = 80; initial body weight (BW) = 346 ± 8.28 kg] receiving the same mixed ration and targeting the same gain (0.68 kg/d) were assigned to one of four treatments totaling 100 g/d of supplement with a ground corn carrier: MET (10 g/d), GAA (40 g/d), MET+GAA (10 g/d Met + 40 g/d GAA), and only ground corn carrier for control (CON). Supplementation began 63 d before breeding and concluded 63 d after breeding. Heifers pregnant with male offspring (CON, n = 10; MET, n = 8; GAA, n = 7; MET+GAA, n = 10) were slaughtered on d 63 of gestation. Transcript abundance was measured using RNA-Seq from extracted total RNA of fetal hindlimb samples (n = 35). The DEG analysis identified 227 upregulated and 121 downregulated genes from MET vs CON, 483 upregulated and 40 downregulated genes from GAA vs CON, and 672 upregulated and 34 downregulated genes from MET+GAA vs CON treated heifers (P ≤ 0.05). We identified 315 upregulated and 114 downregulated genes from MET vs GAA, 202 upregulated and 204 downregulated genes from GAA vs MET+GAA, and 35 upregulated and 133 downregulated genes from MET vs MET+GAA treated heifers (P ≤ 0.05). Over-representation analysis of DEGs highlighted immune response pathways that were found amongst the GAA vs CON, MET vs GAA, and GAA vs MET+GAA comparisons. Genes associated with cell inflammatory and immune response, including CD14, Toll-like receptor (TLR) 6, CD86, and TLR8, were upregulated in the GAA treatment. The TLR genes regulate expression of several pro-inflammatory cytokines, whereas CD genes are responsible for cell inflammatory response. Both are important for regulation of lipopolysaccharide (LPS)-binding protein, which plays a subsequent role in immune recognition when bound with LPS, resulting in genes from these families being recognized as markers for inflammatory response in beef cattle. Between MET vs CON and MET+GAA vs CON comparisons, 15 pathways including skeletal system development, alpha-amino acid catabolic process, and acylglycerol catabolic processes were shared. The FABP1 gene was upregulated in both aforementioned comparisons and has an integral role in transport and metabolism of fatty acids within cattle. Providing supplementation of methyl donors to the maternal environment results in over-representation of fetal muscle genes acting on immune response as well as fatty acid and amino acid metabolism. USDA is an equal opportunity provider and employer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».