PSLBI-1 Stepwise approach applied to metabolites related to residual feed intake in Angus cattle
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Feed efficiency (FE) selection is crucial for improving the economic and environmental sustainability of beef cattle production. Residual feed intake (RFI) is the most commonly used parameter for FE because it is independent of metabolic body weight (MBW) and average daily gain (ADG). Low-RFI (LRFI) animals are more efficient, as they present less feed intake than expected, decreasing dry matter intake (DMI) and methane production per unit of body weight gain (BW). However, considering the time and resources required for RFI measurement, omics methods have been applied to distinguish between LRFI and high-RFI (HRFI) animals. This study performed a stepwise approach as an alternative for selecting important plasma metabolites related to RFI in beef cattle. Black Angus bulls (n = 64) with an initial BW of 321.8 ± 59.98 kg and 12.9 ± 1.08 mo from rearing under continuous grazing were allocated to feedlot pens and fed a diet containing 80:20 roughage:concentrate. The animals were evaluated for DMI and BW using an integrated real-time data collection system (Intergado, Brazil) for 56 d, and ADG was estimated as the slope of the linear regression between BW and days on feed. Blood samples were collected at the end of the finishing phase by puncturing the coccygeal vessels. Through targeted metabolomics, concentrations of plasma amino acids, biogenic amines, and hexoses were determined using an AB Sciex 5500 QTRAP mass spectrometer in liquid chromatography-mass-spectrometry and flow-injection analysis mode. The fixed effect of MBW, ADG, age and batch, and the random effect of sire were considered in the mixed model to determine RFI and to categorize the 20 greatest and 20 least values as HRFI and LRFI, respectively, using the lmer4 R package. A stepwise approach in both directions was used in the MASS R package. The model with the lowest AIC (31.15) presented 23 of the 31 metabolites, followed by ANOVA (Table 1). Serotonin, glutamate, phenylalanine, and tyrosine concentrations were greater in HRFI, whereas aspartate, citrulline, tryptophan, ornithine, taurine, creatinine, and trans-4-hydroxyproline concentrations were greater in LRFI (P < 0.05). The gluconeogenic potential of glutamate, phenylalanine, and tyrosine suggests that an impact on energy availability may affect DMI. Conversely, differences in creatinine and trans-4-hydroxyproline abundance can reflect changes in muscular body mass, while the greater concentrations of aspartate, citrulline, and ornithine in LRFI animals suggest that a lower DMI can be associated with lower urea cycle activity. The stepwise approach appears to be a feasible alternative as a pre-selection method to identify plasma metabolites that could be used to categorize beef cattle for RFI. Further validation is required to confirm the potential of these metabolites as biomarkers for FE selection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».