PSVII-3 Genome-wide association study for first-lactation fertility traits in dairy cattle
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Infertility has been a leading cause of economic loss for the dairy industry. It accounts for a total net loss of $259 per poor fertility cow per year compared with a cow with optimal fertility due to decreased milk production, non-pregnant cows, the inability to sell calves, wasted AI, and management costs. Thus, the goal of this study was to perform genome-wide association studies (GWAS) to identify significant single nucleotide polymorphisms (SNPs), genes, and biological pathways associated with age at first calving (AFC), calving ease (EASE) and interval from calving to first time bred (CFSI), and of first-lactation cow. The GWAS was performed on medium (100k SNPs) and high-density (700k SNPs) SNP panels on 2,121 Holstein and Jersey cows from three dairy herds in California. For each trait, univariate single SNP mixed model association analysis, implemented in GCTA software, was performed including breed and herd year interaction as fixed effects and the animal as random effect. The SNP was declared significant at a 5% false discovery rate (FDR) and on a suggestive level of significance for the top 100 significant. Two SNPs on chromosomes 18 and 21 were detected significant at 5% FDR for CFSI. Chromosomes 3, 10, 18, and 25, were found to hold associated regions from 100K. In-silico functional analyses were performed on the mapped genes using DAVID software to identify associated biological mechanisms and pathways. The enriched biological pathways were found to be regulation of plasma membrane organization (P = 0.016) for AFC, regulation of blood circulation (P = 0.03) for CFSI, and chemotaxis (P = 0.004) for EASE. The plasma membrane contains specialized domains abundant in sterols, a component previously shown to allow sperm to fertilize. Establishing blood flow to the reproductive tract is vital as it is the sole pathway of nutrient transport, and increasing blood circulation is needed to support fetal growth. A previous study confirmed a link between chemotactic activity of placental tissue and placental expulsion. These results will be further validated in relatively unrelated populations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».