PSLBII-27 Investigating the emergence of antimicrobial resistance in <i>Mycoplasma bovis</i> from feedlot cattle
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Bovine respiratory disease (BRD) is the most significant disease affecting feedlot cattle in North America. Mycoplasma bovis is among the main BRD pathogenic bacteria. Infection control of M. bovis is hampered by a lack of effective vaccines and increasing antimicrobial resistance (AMR). Integrative and conjugative elements (ICEs) have been documented as a mechanism of horizontal gene transfer (HGT) in mycoplasmas. Mycoplasma ICEs (MICE) do not carry AMR genes but have been associated with the HGT of genes that confer AMR through point mutations. Hence, there is a need to gain a better understanding of the role of MICE in M. bovis AMR. Randomly selected M. bovis isolates (n = 54) collected from Western Canadian feedlot cattle (AB and SK) underwent whole-genome sequencing by short-reads (Illumina), with a subset (n = 6) selected based on AMR and ICE profiles for Oxford Nanopore long-read sequencing. Sequences were screened for the presence of MICE. MICE circularization (cMICE) is the first step of conjugation, and an in-house collection of 472 M. bovis field isolates (feedlot cattle just from AB) was screened by PCR for the presence of cMICE as a proxy for conjugation capabilities. Environmental conditions that could impact cMICE quantity, including growth phase, temperature, cell density, pH, starvation, UV light, CO2 concentration, and sub-inhibitory concentrations of mitomycin C were investigated by qPCR, followed by growth of M. bovis isolates under the most favorable conditions identified for cMICE-detection and screening by a high throughput qPCR method that eliminated the need for DNA extraction. Nineteen different mating pairs were carried out and 4 different environmental factors were tested for their possible impact on conjugation occurrence (incubation time, incubation volume, conjugation parent proportions, atmosphere). All isolates carried MICEs with 23/54 having a structure/sequence comparable to previously described functional MICE in mycoplasma, 43/54 possessing non-functional ICE, and 23 having >1 ICE. The presence of more than one MICE/genome suggests a lack of MICE (entry) exclusion systems in M. bovis, a trait that may promote the flow of genetic information among M. bovis isolates including AMR. Even though some factors including growth phase (early stationary phase) and pH (9.0) generated greater levels (≥1.5 fold) of cMICE, none of the examined parameters were statistically significant. However, as early stationary growth phase generated the greatest cMICE quantity (2.3 fold), M. bovis isolates were cMICE-screened at this growth stage for the expeditious identification of M. bovis conjugation candidates. A total of 25.7% M. bovis were cMICE-positive. Of 19 mating pairs tested, transconjugants were recovered from only 2 different mating pairs, possibly reflective of the need for further optimization of conjugation conditions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».