Notice bibliographique
Résumé
Abstract The long-term goal of American Mink (Neogale vison) Genome Sequencing Project is to develop novel genomics tools to study the genome biology and evolution of mink. This research agenda is organized around three major goals: 1) development of first chromosome-level genome assembly with high quality for American mink to help understanding the biology and evolution of the order Carnivora, 2) designing the first mink single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping array for genomic discovery in mink, and 3) using genomics to understand the genetic architecture of economically important traits in mink. An initial draft of the genome assembly is generated using 2,884,047 PacBio long reads. Integration of Hi-C data into the initial draft led to an assembly with 183 scaffolds and scaffold N50 of 220 Mb. This gap-free genome assembly of American mink (ASM_NN_V1) has a length of 2.68 Gb in which about 98.6% of the whole genome is covered by 15 chromosomes. Significant improvements are observed in genome contiguity, the number of scaffolds, and annotation compared with the first draft of mink genome assembly. A custom genotyping array is developed using the developed mink reference genome and DNA panel composed of 100 whole-genome sequences data of American mink from five color-types. This Affymetrix Mink 70K SNP array created 70,000 SNPs, which is sufficient for conducting genomic studies in the mink research program and beyond. This project would facilitate the discovery of genomic regions, markers and genetic networks underlying economically important traits in American mink, which will contribute novel insights into the genetic architecture of key traits and is a critical step to implement genomic selection in mink breeding programs. The results of this research have the potential to impact the mink industry, especially in North America, and improve the overall performance of the mink industry.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,016 | 0,011 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».