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Enregistrement W4402563819 · doi:10.1016/j.gastha.2024.09.007

Caspase-4 Has Potential Utility as a Colorectal Tissue Biomarker for Dysplasia and Early-Stage Cancer

2024· article· en· W4402563819 sur OpenAlexaff
Laura Kane, Brian Flood, Joan Manils, Donna E McSkeane, Aoife P. Smith, Miriam Tosetto, Fatema Alalawi, Joanna Fay, Elaine W. Kay, Cara Dunne, Stephen McQuaid, Maurice B. Loughrey, Jacintha O’Sullivan, Elizabeth J. Ryan, Kieran Sheahan, Glen Doherty, Emma M. Creagh

Notice bibliographique

RevueGastro Hep Advances · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCell death mechanisms and regulation
Établissements canadiensTrinity College
Organismes subventionnairesEuropean Regional Development FundEnterprise Ireland
Mots-clésColorectal cancerStage (stratigraphy)BiomarkerDysplasiaMedicineCancer researchOncologyCancerPathologyBiologyInternal medicineGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background and Aims: Colorectal cancer (CRC) is the second most deadly cancer globally. The rapidly rising incidence rate of CRC, coupled with increased diagnoses in individuals <50 years, indicates that early detection of CRC, and those at an increased risk of CRC development, is paramount to improve the survival rates of these patients. Here, we profile caspase-4 expression across 2 distinct CRC development pathways, sporadic CRC (sCRC) and inflammatory bowel disease-associated CRC (IBD-CRC), to examine its utility as a novel biomarker for CRC risk and diagnosis. Methods: Tissue samples from patients with CRC, colonic polyps, IBD-CRC, and sCRC were assessed by immunohistochemistry for caspase-4 expression in epithelial and stromal compartments. RNAseq expression data for caspase-4 in CRC and normal tissue samples were mined from online databases. Results: Epithelial caspase-4 expression is selectively elevated in CRC tumor tissue compared to adjacent normal tissue, where it is not expressed. In the sCRC pathway, caspase-4 is expressed in the epithelial and stromal tissue of all histological subtypes of colonic polyps, with a significant increase in epithelial expression from low-grade dysplasia to high-grade dysplasia progression. For the IBD-CRC pathway, caspase-4 epithelial expression was specifically upregulated in dysplastic and neoplastic tissue of IBD-CRC but was not expressed in normal or inflamed tissue. Conclusion: This study demonstrates that epithelial caspase-4 is selectively expressed in colon tissue during the development of dysplasia. As such, epithelial caspase-4 represents a promising novel tissue biomarker for CRC risk and diagnosis.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,581
Score d'incertitude au seuil0,486

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,287
Écart entre enseignants0,275 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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