Virulence of <i>Puccinia coronata</i> var <i>avenae</i> f. sp. <i>avenae</i> (oat crown rust) in Canada during 2016 to 2020 and comparison of extensive vs intensive sampling methods
Notice bibliographique
Résumé
Puccinia coronata var avenae f. sp. avenae (Pca), the causal fungus of crown rust of oats, is a significant threat to oat production in the eastern prairie region (Manitoba and eastern Saskatchewan; EPR), Ontario and Quebec (eastern Canada; EC), in Canada. Development of oat lines with effective resistance to Pca has been a priority for oat breeding programmes in Canada, and helped mitigate reductions in oat yield and quality. This requires knowledge of the virulence characteristics of the Pca population in Canada. Our objectives were to determine the incidence and severity of Pca in Canada, the presence and frequency of virulence and races in Pca populations and compare the traditional extensive sampling method (few isolates per field from many fields) to an intensive sampling method (many isolates per field from a few fields) for obtaining genetically diverse collections. The incidence and severity of crown rust of oat in Canada was lower in 2016 to 2020 than has been reported in previous years. Virulence to all the 24 Pc genes studied was observed over the 5 years in EC and the EPR. The most effective genes were Pc94, Pc98 and Pc101 in EC and Pc50, Pc96, Pc97 and Pc98 in the EPR. Approximately 81% of 424 races identified were of unique virulence phenotypes over the 5 years, indicating a highly variable Pca population in Canada. Races JTQG-91 and GTQG-91 were the most common races identified. Collections of Pca obtained using the extensive sampling method were observed to be more genetically diverse than collections obtained using the intensive sampling method in 2018 and 2020, but not in 2019.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».